Si la phase 1 du projet Confluence touche à sa fin, le quartier de Perrache est loin d'avoir achevé sa mue. On sait depuis deux ans que le centre d'échanges et la gare SNCF vont être reconfigurés mais également que l'ilot Dugas-Montbel, entre la rue Dugas-Montbel, le quai Rambaud, le cours Suchet et la rotonde, sera complètement réhabilité. C'est le promoteur Cogedim qui mène les opérations portant sur des tènements de la SNCF et du Sytral. 154 logements, 1054 m² de commerces et un jardin de 2 500 m² sont prévus avec préservation des bâtiments patrimoniaux que sont la nef du Sytral et le bâtiment des douanes.
Dans l'opération, le Sytral perd la moitié de ses surfaces (le centre de maintenance). Mais cela était évidemment prévu et le syndicat avait acheté dès 2013, un îlot entier, en face de son dépôt actuel, de l'autre côté du cours Suchet. Cet îlot (entre le quai, le cours Suchet, la rue Bichat et la rue Collonge), qui appartenait au Ministère de la Défense, est composé de hangars et d'immeubles dont la déconstruction débute. De 2017 à 2019, le Sytral y fera ensuite construire (pour 27,5 millions d'euros) un nouvel entrepôt de 20 000 m² couverts. Seule la façade donnant sur le cours Suchet sera conservée, sur demande des architectes des Bâtiments de France.
Le nouveau bâtiment servira d'espace de stationnement et d'entretien des autobus et sera deux fois plus grand que celui qui disparaît. Ainsi, pourront être accueillis également les bus en stationnement au Pôle d'échange voisin de Perrache.